类似太空堡垒卡拉狄加的太空战舰出现后,现代海军的构造会是?

这个问题体量太大了，写一篇论文都只能说到其中的一小部分。基本原则是按照“一项武器装备（或军种）是否淘汰取决于其作战任务是否能够被新装备（军种）在多大程度上替代”

不过第一个可以不考虑的东西就是：在科技足够发达之后造出的具备完全星际间航行能力，具备完善星际航行自持能力的星际战舰。因为这种太过超前的东西在诞生前水面舰队的命运早就拍板了。所以我们只用讨论星际战舰诞生初期（类比一战时期飞机），发展期（类比二战时期飞机）就可以了。

我没有看过楼主提到的那部剧，所以不清楚剧中的人类科技水平到底到了哪一步。地球到火星之间是跃迁？直飞？还是依然需要借助引力弹射，太阳系内的人类的旅行是怎样实现的？航速达到多少？15%光速还是直接魔法跳跃？是否还需要冷冻（电视中多半不需要，不然电视剧不好安排）？太空舰队的主要武器是什么？等等

我对太空战舰的时期定位区分是按照以下标准：注，该标准不考虑动力来源，因为无论哪种都需要人类的科技或魔法取得突破。在现实中动力来源必然是划代的重要标准。
1.初期——1代太空战舰仅具备在常规状态下的空间航行能力（地外，地月间），依然需要依靠引力弹弓效应来实现长途星际航行（地火）。整体科技水平属于现实中已经存在或已经开始初步研究的技术（当然是有强化或更有效）。拥有大气层内作战能力。大体上所搭载（或类舰载机式装备使用）的武器依然是基于当代科技的升级或强化（动能武器，导弹）。
2.发展期——发展期可能经历多个世代；二代太空战舰将具备一定的星际航行能力（地火直飞），太阳系内航行已经不需要太多依靠引力弹弓效应。具备到达太阳系外能力，但是不一定具备单独进行星系间航行的能力或自持力（不能跃迁，星系间飞行要冷冻）。整体武器装备依然是当前科技所可以想象得到的，可能依然以动能和制导类武器为主。第三代星际战舰将已经具备一定的空间航行能力（无论是通过跃迁还是其他魔法），武器装备已经不是当下科技所能够实现的东西了（阳离子激光炮什么玩意）。
再后面的东西就只能是想象了，无法有任何依据和参照性的东西。所以不能用来讨论问题。

如果是第一代时期的那种装备，服役短时间内恐怕不会对水面海军造成太大影响。这一时期的太空战舰是否有能力进行大气层内作战反而是个很实际的问题。因为在太空你不需要多少能量就能飞走（随着地球自转+本身就在空中），但是在大气层内，你就需要持续消耗巨大能量在对抗重力和空气阻力。这样的太空舰船所组成的将是一只用来争夺外空间权利的部队，作战使命和作战方向和在地球上的海军并无太多交集。虽然他们可以在支援或参与争夺制海权的海军间战斗。
即便这一时期的太空战舰具备大气层内作战能力，2142里泰坦这种规模的舰船也就顶的上海军的驱逐舰（现实中如果掌握相应科技，肯定不会去造2142里这种泰坦，因为完全有更能发挥优势的选择）。用来配合水面舰队实行对敌纵深的打击非常不错，可以有效提升海军的战斗力，并随着不断的进步来不断取代水面舰队中一部分船只的角色。但是除非其到达能够容纳足够多的武备（或舰载机）来实现战斗力的质变之前（空天母舰），那时候的航母作为水面舰队主力的地位不会有变化。在这个过程中海军的规模将逐渐萎缩，直至传统海军这一概念的彻底消失。
第二代第三代这种太空（星际）战舰其实已经跟传统的海军没什么交集了。因为作战方向上几乎完全不同。那个时代，海面和地面对于这些战舰来说已经没有什么区别。传统的海军概念自然也就不存在了。

传统海军的消失必然伴随着新海军的诞生，只是这新海军是更类似海岸警备队还是作为太空军的一部分存在就不是现在能看清楚的东西了。